ごり押しなやり方ですが、Yanfly さんの Skill Core を使えば可能かな?と考えられます。
Custom Requirement 機能を使います。(プラグインの詳細はサイトをご確認ください)
http://yanfly.moe/2015/10/13/yep-8-skill-core/
・スキル①に使用効果:コモンイベントを付けて変数Aに2を代入
・スキル②のメモ欄に<Custom Requirement>で使用条件「変数Aが1以上」、使用効果:コモンイベントをつけて変数Bに2を代入
・スキル③のメモ欄に<Custom Requirement>で使用条件「変数Bが1以上」
そして、ターンが終わるごとに変数A、変数Bを1ずつ減らしていく処理を入れます。
→ rpg_managers.js のBattleManager.endTurnを改変するプラグインを作り、プラグインリストの一番上に挿しましょう。
プラグインは、好きな半角英数字名のテキストファイルを作成して拡張子を.jsに変更、中身に
(function() { で始まり、 }()); で終わる内容を書けば作れます。
今回の場合、こんな感じになると思います。
(function() {
BattleManager.endTurn = function() {
this._phase = 'turnEnd';
this._preemptive = false;
this._surprise = false;
this.allBattleMembers().forEach(function(battler) {
battler.onTurnEnd();
this.refreshStatus();
this._logWindow.displayAutoAffectedStatus(battler);
this._logWindow.displayRegeneration(battler);
}, this); //ここまでrpg_managers.js のコピペ
// 追加ここから
$gameVariables.setValue(変数AのID,$gameVariables.value(変数AのID) - 1); //変数Aを-1
$gameVariables.setValue(変数BのID,$gameVariables.value(変数BのID) - 1); //変数Bを-1
// 追加ここまで
};
}());
こうすれば理論的には各スキル使用の次ターンのみ該当スキルを選択できるようになると思われます。
ちょっとこちらで確認までは取れてなくてゴメンナサイですが、いかがでしょうか?