自己回答になりますが、ほぼ同じ状況についてのこちら（ https://forum.tkool.jp/index.php?threads/%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9%E3%81%A8%E3%83%86%E3%83%B3%E3%83%97%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%83%88.59/ ）に対するトリアコンタン様の回答で光明が見えました。

追加でウインドウを作成した時に、新規ウインドウを「ウインドウレイヤー」に含める方法について下記のように回答されてらっしゃいました。

ウィンドウレイヤーという既存の仕組みで ...

みなさんの投稿を興味深く拝見させていただいています。
ツクールを始めて数週間、プラグインも学び始めたばかりの素人なんですが、
「バトル画面での新規自作ウインドウの追加方法と表示優先度の設定」について教えてください。

バトル画面で「エネミーの一覧表示ウインドウ」を画面左下に常時表示させたいと試行錯誤しています。
既存のコマンドウインドウ・ステータスウインドウは右側に寄せて、空いた隙間に常に敵の名前と数が表示されているイメージです。簡単に言えば、昔のファイナルファンタジーの画面レイアウトの再現です。
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