こんにちは。くろうどです。

現状、どのような作りになっているのか分からないので、仕組みの話をします。

まず、ゲームアツマールではゲームごとに番号が振られており、
RPGツクールMZのプロジェクトにその番号が記録されます。
そのため、同じプロジェクトを書き換えた場合、
その番号が残っていれば、
ゲームアツマール側で同じゲームと認識され、
上書きされることになります。

これにより、1章のデータが上書きされてしまったものと思われます。

尚、番号は atsumaru_id.txt というファイルに書かれています。
取り扱いにはご注意ください。

次に ...

【解決済み】私は今現在、ひとつの作品としてゲームを作る中で、1章、2章と分けて作りながら配信するという方法をとっています。
今は2章までできているのですが、無理やり2章を作ろうとしたため(？)か、アツマールに既に配信していた1章を上書きする形で配信がされてしまいました。幸いにも1章のデータは残っているのですが、それらを別の作品として配信する方法、また、既に作成したゲームのデータ(キャラや用語など)を新規で作る際に引き継ぐ方法はありますでしょうか？
何分初心者なもので拙いところがありますが、よろしくお願いします。