情報が少なすぎますね。
まあ、情報が揃ってても解決できるかわからないですけど。
環境に起因する場合とかもありますし・・・

少なくとも私には解決できそうにないけど、思いつく限りのチェックポイントを掲示しておきますね。

プラグインなどをなにも使用してないプロジェクトでテストしましたか？

エディタやプロジェクトファイルのバージョンは最新版ですか？

うっかり色調変更命令入れてませんか？

実際にどれくらいの違いがありますか？

blender以外で作ったピクチャでは起きない現象ですか？

PNGの保存形式は、アルファチャネルつき32ビットですか ...

ん～・・・
メニューを開いた地点で選択されているのは１番の選択肢だから
↓（下）キーで下に移動したら、２番目に移動するのは正常な動作ではあるのですが・・・
希望とは違う操作だというのであれば

メニューを開くコモンイベントの
選択肢番号を変更するイベントコマンドを
項目を表示するコモンイベントの呼び出しのイベントコマンドより上に移動してみてください。
そうすると多分、メニューを開いた地点で
１番が選択された時のグラフィックが表示されると思います。

確認した結果はどうだったのですか？
あなたは私の質問に一つも返事をしないのに
私はあなたに返事をしないといけないのでしょうか？
まあ、私はとっても優しいので回答いたしますが。
（と、いやみの一つくらいは言わせていただきますが）

私が知っているのは、最初にご紹介した講座サイトで知りえたことが全てです。
私が説明しようとしていたのは、講座サイトのひな型の使い方です。

まず、ソケットれんちさんのABC…が描かれたひな型をお借りします。

このひな形は説明しやすいよう、1ドットずつスキマがあるので
このままでは初心者が扱うには難しいです。
なので、１ドットずつ寄せて、スキマのない状態に作り変えます ...

プラグイン様のお力を借りるほかないと思います。

rmmz_scenes.jsに、スキル選択ウインドウを表示する設定があるので
スキルタイプウインドウと、ステータスウインドウのX座標を入れ替えると
いいんじゃないかな、と思います。
私はスクリプトにあまり詳しくないので、もっといい方法があるかもしれません。

具体的には以下をコピペして、プラグイン化してください。
プラグインの作り方は、MVやMZの公式サイトに講座があります。
ご存じかもですが、基本は拡張子がjs で、文字コードがUTF-8です。

/*:
* @target MZ
* @plugindesc ...

768×576は、素材の規格なのでもちろん変更なしですよ。
そこは間違っていないので
大事なのは、オートタイル作成のルールに沿って、木を並べるっていうことです。

後は、元となる木の大きさやデザインも重要で、はっきりとした線引きはないというか
私も基準がよくわかんないんだけど
どうあがいてもオートタイルの規定に合わないデザインだと、上手くいかないです。

その場合は、オートタイルを諦めてタイルセットB以降のタイルセットで利用するか
オートタイルのルールに沿って、デザインを変更するしかないです。

以下に、作り方の手順について書いたんですが
どうにも的外れな回答な気がしてしょうがなかったので ...

Upしてくれてるタイルセットと、実行内容のスクショで使われている
タイルセットが別者みたいだなあ・・・というのは、横に置いといていいんだろうか？

スクショの実行画面よりは、遜色ないタイルが出来ている様子でした。
無題.png

ただまあ、若干いびつな部分があるようなのでしっかり調整するには
オートタイルのルールをもっとよく理解する必要がありそうです。
ということで、ソケットれんちさんの
「RPGツクールMVオートタイルの作成方法」
という講座のリンクを置いときますね。
https://socke-twrench.fanbox.cc/posts/1213459 ...

私はスクリプトにもこのプラグインにも詳しくないけど
『10 Classic II』の元々のゲージのデザインとは違う画像を使っているんですよね？
で、あれば、ゲージの位置の指定の仕方はご存じの事かと思います。

気になったのは、ステートアイコンはどこに表示されるように設定されているのかな
ということです。

なんとく、ちょうどステートアイコンが表示されるくらいのスペースだなーと思ったので。
だとしたらどうすればいいのか、まではわかりませんが
問題の洗い出しの役に立てばよいなと思ってコメントさせていただきました。

解決することを祈っています。

私はスクリプトに詳しくないので全然わかりませんが
回答が付かないようなので、問題の切り分け方のアドバイスが乗っているサイトさんを
ご紹介しておきますね。

【RPGツクールMV】プラグイン利用者に向けた問題の切り分け方法（トリアコンタン様）
https://qiita.com/triacontane/items/2e227e5b5ce9503a2c30

それでもまったく原因がつかめない場合
回答が付かない原因の一つとして、使用プラグインが多く状態を再現してテストする準備に
とてつもなく労力が必要で、無理・・・という可能性もあるので
状態をすぐに再現できるプロジェクトファイルを作成して ...

使用している画像のサイズは人それぞれなので、デフォルトの設定では正しく動作しないと思います。

ゲージと容器の画像のサイズが同じだとすれば、そのサイズは100×100ですか？
違うんじゃないかなと思います。
パラメータの設定に入力すべきは、あなたが使用している画像のサイズではないでしょうか。

プラグインの解説ページを読んだ限りでは
ゲージの画像と容器の画像の大きさが違っているのではないだろうか
ということです。

まず、容器の画像とゲージの画像の大きさを揃える。
ゲージの画像を上下反転する。
ゲージの画像の大きさを、パラメータ設定画面で正しく入力する。
ゲージ画像の上下の余白を、正しく入力する。

以上で、少なくとも
ゲージが4分の1ほどしか表示されない、という部分は解決すると思います。