ありがとうございます！！
プラグイン外したら解決しました……！

ほんとうに初歩的な質問ですみません。オリジナルの顔グラをアクターに設定したのですが、テストプレイしてみた所メッセージウィンドウやメニュー画面などの顔グラが表示されるべき場所が透明になり、ぽっかりとスペースが出来てしまいます。
画像の方式はきちんとPNGで、サイズも合わせています。オリジナル画像の問題かなと思い、デフォルトで用意されている顔グラを当てはめてみましたが、それも表示されず透明スペースが出来たままでした。
バグを疑い、別の新規プロジェクトを立ち上げメニュー画面を開くと、そちらの方は正しく顔グラが表示されていました。
ツクールを購入したばかりで、PC知識にも疎く原因がわかりません ...