アクターコマンドウインドウのY座標は、プラグインの中ではなく、大元のrpg_windows.jsの中で指定されています。
rpg_windows.jsの5370行目、Window_ActorCommand.prototype.initializeを見てみてください。

奏ねこま様、お忙しい中返信ありがとうございます！
奏ねこま様がおっしゃられているのは、
Window_ActorCommand.prototype.initialize = function() {
var y = Graphics.boxHeight - this.windowHeight();
Window ...

ツクマテで村人C様が公開されている「バトルコマンドの拡張」というプラグインを導入し、// 表示行数の取得という部分に
Window_ActorCommand.prototype.windowWidth = function() {
return Graphics.boxWidth;
};
Window_ActorCommand.prototype.maxCols = function(){
return 5;
};
Window_ActorCommand.prototype.itemTextAlign = function() {
return 'left';
};
Window ...