こちらのコードはどのタイミング（というかどのjsファイル？）のどのあたりの部分で上書きというか
差し込めばよいのでしょうか？

それともプラグイン的にjpファイルとしてダウンロードしてONにすればいいのでしょうか？

このコードはプラグインです。
.jsファイルとして js/plugins フォルダに保存して利用してください。

スキル一覧を開くときにヘルプウィンドウの内容をリフレッシュしてあげるのが良いと思います。


(function () {
'use strict';

function Scene_Battle_UpdateHelpOnCommandSkill(sceneBattle) {
const _commandSkill = sceneBattle.commandSkill;
sceneBattle.commandSkill = function () {
_commandSkill.call(this);
this._helpWindow.refresh ...

Window_BattleActorクラスのisCursorVisibleが関数でない、というのは異常事態です。
コアスクリプトが壊れているか、とんでもなく行儀の悪いプラグインが入っているかのどちらかです。

rpg_XXXX.js を最新のMVコアスクリプトで上書きしてください。
それでエラーが解消されればコアスクリプトが壊れていたということになります。

別の方法を置いておきます。
単に左右位置を置き換えたいだけで細かい調整が必要ないなら、こちらでも目的は達成できます。

解決されたようで何よりです。

Scene_CardBattleにはスコープの関係でそのままでは利用できないと思いますが、指定シーンにメッセージウィンドウを表示するプラグインを公開しているので、類似した問題で困っている方にはこちらをおすすめしておきます。
https://github.com/elleonard/DarkPlasma ... geMixIn.js

ぱっと見動きそうなものですが、どうやってコモンイベントが起動していないと判断したのか、気になります。

文章の表示やピクチャの表示等、シーンに特定の描画に関する仕組みがないと動かないイベントコマンドもあります。
例えば文章の表示は、インタプリタでは$gameMessageオブジェクトを操作するだけで、実際にメッセージを描画するのはシーン側の責務になっています。(詳細はScene_Messageを参照してください)

変数の操作であれば、シーンに依存せずに処理できます。
コモンイベントの内容を変数の操作だけにして試してみていただけると、実際にはScene ...

%24%E3%83%A1%E3%83%95%E3%82%A1 はURLエンコードされた文字列です。
デコードすることで元のファイル名を知ることができます。

$メファ.png というファイルを使っていたが、何かの勢いでファイルだけ消してしまったのでしょう。
消したファイルを戻してから再度起動してみてください。

何らかbase64encodingされた画像をロードしようとして失敗しているようです。
画像をbase64encodingしているプラグインを利用していないでしょうか。

例えば、ゲーム中にスクリーンショットを取ったりするようなものとか。

アイテムの所持判定は

$gameParty.hasItem(item, includeEquip)

で行うことができます。
第１引数はアイテム・武器・防具いずれかのデータ
第２引数は装備しているものを含めて探すかどうかの真偽値です。

まず、50種類あるという全体のアイテムIDを配列にし、filterによって未所持のアイテムID一覧にしたら、後はランダムにそのどれかを取り出して分岐するだけです。

以下の条件でサンプルコードを置いておきます。
対象の50種類がアイテムのみ
パーティのアイテム欄以外にアイテムを所持できる仕組み（倉庫など）が導入されていない ...

URLを貼ってくださるのは良いのですが、貼ってくださったプラグインのうち、「イベント実行中もセーブを可能にするPlugin」はOFFになっているようです。
直接原因には関係ないでしょうが、今後使う予定がないのであればOFF状態のプラグインは混乱防止のため削除しておくことを推奨します。

原因の調査については、実現したい仕組みを再現するために必須なプラグイン以外をすべてOFFにし、コアスクリプトを新規プロジェクトからコピーしてきたもので上書きしてから、もう一度同じエラーが出るか試すのが良さそうです。
(新規プロジェクトに必須プラグインとイベントを移植して確認しても良いですが ...