成る程、確かにプラグインの中身の全貌すべてを把握できてないとバグなどのリスクもありそうですね。Plasma Dark さんが書きました: というよりは、他の人のプラグインの中身を直接書き換えること自体がリスクです。
自分のゲーム専用に書き換えたい場合は、他のプラグインを書いて処理を差し込むほうが遥かに安全です。（無論、これが可能なケースばかりではありませんが）
ダウンロードしてきたプラグインを書き換えるときは、その変更を作者に取り込んでもらうくらいの気持ちが必要です。
あるいは派生プラグインとして自分でメンテナンスしていくことになるので、特に規模の大きいものほど直接の書き換えは避けたほうが良いですね。
他の人に改変版を公開するときはかなり注意を払う必要ありますね。
ですがこのPH_WarehouseとPNDK_LuggageCapacityに限ってはその仕組み（仕様？）を１００％ではないですが
８０％くらいはわかったつもりでいます。（あながちあくまでも「つもり」なだけかもしれませんが…）
デバッグにかなり時間をかけておりいまのところ問題なのはこれくらいです。
追伸
おっちょこちょいな自分…484行目はこのプラグイン名称NYA_PH_Warehouseで違ってましたorz
必要なのはNYA_PNDK_LuggageCapacityのほうですね（ジト汗）
これもグローバルに定義しておきます(^^;（←追記：そういう問題ではなかったというオチ）
あと私はそのパッチファイルを作るという方法を以前に試したことありますが
それでできないことが多々あったので恐らくまだ技術力が足りないのでしょうorz
追記
考えた結果2059行目でNYA_PNDK_LuggageCapacityのプラグインパラメータの値をとってくることを諦めました
というのもPNDK_LuggageCapacityが外部からプラグインパラメータを参照できるようになってなかった為
それかパンダコさんにプラグインパラメータをグローバル化してもらうようにお願いすべきか。個人的な利用に留めるならそうする必要はないけど…
