＞「いいえ」の選択肢の所を連打すると、キャンセルになってしまうことが多々あります。
通常起こりえない現象だと思います。
可能性があるとしたら
・キャンセルが有効になっていて、間違ったキーを連打している（操作ミス）→キャンセルを無効にする
・どこかにうっかりキャンセル音を再生する命令を入れている（イベント作成ミス）→再度イベントをチェック
・カーソル音とキャンセル音が似通っているせいで、カーソル音をキャンセル音だと誤認している→カーソル音かキャンセル音を不快な音じゃないものに変更する、キャンセル音を決定音と同じにする等（データベースのシステムから）
・何かほかに入れているプラグインの仕様→（プラグインをチェック）
・コアスクリプトが壊れている、古すぎる→コアスクリプトの更新を行う（バックアップとってから）
ざっと思いつくのは以上です。
＞選択肢を常に表示させるような方法
メニューを自作する要領で、選択肢も自作する・・・ですかね。
マウス操作、キーボード操作の両方に対応するかどうかも考えてください。
画像選択メニューの作り方（有楠さま）
https://note.com/arixtkool/n/n34cc4278b412
上記の講座ではキーボード操作に対応する部分が書かれていないので
MV用ですが、MZでも実装可能と思うので講座サイトさんを置いときますね。
RPGツクール MV でオリジナルのメニュー画面を作る方法（オタク女子のゲーム＆IT入門さま）
https://pd-present.moo.jp/PC_otaku/archives/471
選択肢の表示を、デフォルトに寄せたい場合はもう少し工夫が必要でしょうけれど
「初期設定」の時だけでいいなら、「初期設定専用のUI」ということでもいいんじゃないでしょうか。
選択肢の自作が難しいようなら
チラツキを軽減させる方法を提案します。
選択肢がチラつくのがイライラするほど気になる原因として考えられるのは
「連打するから」なので連打できないようにイベントを作る。
具体案としては、選択肢を選択したら何かしらの会話を発生させるとか
歩行グラにウェイト付きで吹き出しアイコンを表示するなどして
連打を阻止する、ということですね。
いやいや連打阻止したら、初期設定に時間がかかってうるさいやん。
ということであれば、次にチラツキにいらいらする原因として考えられるのは
「メッセージウインドウは閉じないけど、選択肢ウインドウだけ閉じるから」と考えられます。
じゃあ、メッセージウインドウも一緒に閉じれば、そんなに気にならないんじゃないか？
というわけで、選択肢を選ぶ毎にウェイトを入れて、メッセージウインドウを閉じさせるといいと思います。
逆に選択肢の内容がいつも「はいといいえ」のみで、選択肢ウインドウさえ閉じなければいいのであれば
選択肢のウインドウをピクチャーで表示して、選択肢コマンドのウインドウは非表示を選択する
というのも考えられます。（はいといいえしか選択肢がないのであれば、はいといいえも描画済みのピクチャーにすると、よりチラツキを抑えられる可能性がある気がするけど、実際やってみないと分からない）
私に提案できるのはこれくらいでしょうか。
思うようなシステムが作れるといいですね。