最初にスライムが二体出現する戦闘のようですが、
敵キャラのHPを条件にしているページが一つしかないのが一番の原因だと思います。
HPを条件にしているページは敵キャラの数だけ必要です。
それとバトルイベント1ページ目で全体の不死身を解除していますが、逆です。
2ページ目の三行目で敵全体の不死身を解除していますがこのページの条件になっている敵のみにしてください。
一度敵を不死身にしているのは、HP0を条件にしていても、現在いる敵がすべて戦闘不能になった場合即時に戦闘終了が呼び出されてしまうのを防ぐためなので、その敵自身のHPが0になってその敵のHPを条件にしたバトルイベントが呼び出されるまでは解除しないでおいてください。
あと2ページ目の最後にへんなのの不死身を解除していますが、こちらも逆に付加しないとバトルイベントが発生しなくなってしまいます。
バトルイベントの2ページ目をコピーし3ページ目を作成、
条件をもう一体のスライムのHPにしてみてください。
↓どくろんさんのスクショに似せつつ整理したイベント例です。

バトルイベント2ページ目
条件:ターン0 スパン:バトル
◆文章:なし, 透明, 中
: :\{\{\{\{\{\{ WAVE 1/3\.\.\.\.\|\^
◆敵キャラのステート変更:敵グループ全体, + 不死身
◆変数の操作:#0061 WAVE1 = 0

バトルイベント2ページ目
条件:敵キャラHP (1) <= 0% スパン:バトル
ID1の敵のHPが0になったさいに一度だけ呼び出されるイベントです
◆注釈:一つのWAVEに敵が一体の場合、変数操作と条件分岐はいらない
◆変数の操作:#0061 WAVE1 += 1
WAVE1で倒した敵の数をカウントしています。
◆敵キャラのステート変更:#1 スライム, - 不死身
イベントが開始された後にID1の敵(このイベントの条件の敵)だけ不死身を解いています。
◆スクリプト:if(BattleManager._logWindow !== null){
: : BattleManager._logWindow.push('addText', 'スライムを倒した!');
: : BattleManager._logWindow.push('clear');
: :}
◆条件分岐:WAVE1 = 2
↑この条件分岐でWAVE1の敵をすべて倒したかを判定し、倒している場合これ以降が実行されます。
◆スクリプト:BattleManager.endTurn();
◆ウェイト:60フレーム
◆敵キャラの出現:#3 へんなの
◆スクリプト:if(BattleManager._logWindow !== null){
: : BattleManager._logWindow.push('addText', '新たな敵が現れた!');
: : BattleManager._logWindow.push('wait');
: : BattleManager._logWindow.push('clear');
: :}
◆文章:なし, 透明, 中
: :\{\{\{\{\{\{ WAVE 2/3\.\.\.\.\|\^
◆注釈:これより下は中間のWAVEのみ最終WAVEには必要なし
◆敵キャラのステート変更:敵グループ全体, + 不死身
◆
:分岐終了

バトルイベント3ページ目
条件:敵キャラHP (2) <= 0% スパン:バトル
ID2の敵のHPが0になったさいに一度だけ呼び出されるイベントです
◆注釈:一つのWAVEに敵が一体の場合、変数操作と条件分岐はいらない
◆変数の操作:#0061 WAVE1 += 1
WAVE1で倒した敵の数をカウントしています。
◆敵キャラのステート変更:#2 スライム, - 不死身
イベントが開始された後にID2の敵(このイベントの条件の敵)だけ不死身を解いています。
◆スクリプト:if(BattleManager._logWindow !== null){
: : BattleManager._logWindow.push('addText', 'スライムを倒した!');
: : BattleManager._logWindow.push('clear');
: :}
◆条件分岐:WAVE1 = 2
↑この条件分岐でWAVE1の敵をすべて倒したかを判定し、倒している場合これ以降が実行されます。
◆スクリプト:BattleManager.endTurn();
◆ウェイト:60フレーム
◆敵キャラの出現:#3 へんなの
◆スクリプト:if(BattleManager._logWindow !== null){
: : BattleManager._logWindow.push('addText', '新たな敵が現れた!');
: : BattleManager._logWindow.push('wait');
: : BattleManager._logWindow.push('clear');
: :}
◆文章:なし, 透明, 中
: :\{\{\{\{\{\{ WAVE 2/3\.\.\.\.\|\^
◆注釈:これより下は中間のWAVEのみ最終WAVEには必要なし
◆敵キャラのステート変更:敵グループ全体, + 不死身
◆
:分岐終了