試行錯誤の結果なんとか想定通りの結果を得る事が出来ました。
ありがとうございました！

faidaさん返信ありがとうございます。

コードまで添付していただいて恐縮なのですが、
このコードは上の画像で言うと657～679行、682～683行、
（デフォルトの[Game_Battler]657～671行、674～675行）に上書きすればよいのでしょうか？
自分のコードや新規データを上書きしてみたのですが

● スキルの効果適用
(中略)
make_obj_damage_value(user, skill) # ダメージ計算 （デフォルトの881行）

辺りで引っかかってエラーが出てしまうもので。

それともう1つ「アイテムかどうかの判定」を失念していまして ...

VXのRGSS2で「RPGツクールアドバンス」の特技ダメージ計算式を再現してみたのですが、
出来に自信が無いのでアドバイスをお願いします。

＊ツクールGBAの特技計算式
「魔法」
基本ダメージ-（対象の魔法防御-使用者の魔法防御）
「必殺技」
基本ダメージ-（対象の魔法防御-使用者の攻撃力）
＊使用者の値が対象の魔防を上回った場合は基本ダメージが上限となる
＊基本ダメージが0以下なら0～3ダメージ

＊必須の分岐

1. 回復魔法かどうか　＊デフォルトのまま
2. 魔法か必殺技か　＊精神関係度が1以上かで判定
3. 対象の魔防（精神力）より上か