並列処理であればイベント実行中もキャラクターの操作が可能ですが、文章（テキストウィンドウ）の表示中は並列処理であってもキャラクターを操作することはできません。
なので、スクリプトには手を加えずにということであれば、文章を画像として用意しておき、「ピクチャの表示」で誤魔化すしかないかと思います。

Sprite_Baseの33行目で「disposed sprite」のエラーが出ている…のでしょうか？
とりあえず新規プロジェクトに掲載されたスクリプトを導入するとそうなったのでその前提で行くと、
406行目のterminateでdisposeした後に@spriteset_3dをnilにするよう変更してみてください。

alias dai_3d_terminate terminate
def terminate
dai_3d_terminate
if @spriteset_3d != nil
@spriteset_3d.dispose
@spriteset_3d = nil ...

opacityを変更しても表示されないということは、ウィンドウのvisibleがfalseになっているか、
ビューポートの設定が書き換わっているか…あたりが怪しい気がします。

# コンソール画面にScene_Fileの情報を表示する

class Scene_File < Scene_MenuBase
alias start_debug start
def start
start_debug
debug("start")
end

alias terminate_debug terminate
def terminate
debug("terminate ...

こちらも最新バージョンのWallpaper EXを使用していますが、
Wallpaper EXではロード画面でデータの一覧を表示しているWindow_SaveFileには手を加えていないようで、
他のウィンドウとは透明度が異なっているものの一応正常に描画されています。
そこで、Wallpaper EXに設定した透明度をセーブやロードの画面にも適用するスクリプトを作成してみました。

# セーブ／ロードの透明度をWallpaper EXと揃える
class Scene_File < Scene_MenuBase
include MOG_WALLPAPER_EX ...

今更ながらスクリプトに目を通したところ問題の原因が判明したのでご報告します。

新装備拡張＆装備拡張画面を導入した状態のステータス表示部分は
「現在のステータスを表示するウィンドウ」と「装備変更によって変化するステータスを表示するウィンドウ」
の2枚が重なった状態になっています。
新装備拡張＆装備拡張画面を単体で運用していればt.opacityが0（差分ステータスウィンドウの透明度が0）なので
1枚のウィンドウのように見えていますが、
Wallpaper EXと併用すると両方のウィンドウにWINDOW_OPACITYで設定した値が適用されてしまい ...

新しいプロジェクトに新装備拡張＆装備拡張画面とWallpaper EXを導入してみましたが、こちらでは問題を再現することができませんでした。
なので、根本的な原因は他のスクリプトにあるものと思われます。
opacityが機能していないとのことですが、問題のウィンドウが判明しているのであればvisibleをfalseにしてしまうのはどうでしょうか。
また、スクリプトの導入順を見直してみるのも有効かもしれません。
再定義のものは上に、エイリアスのものは下に配置すると競合を避けられる場合があります。

スクリプトではなくコモンイベントになりますが、一応作ってみました。
ステート付与での貫通には対応できていませんが、スキルでの貫通攻撃は実現できていると思います。
ただし、イベントコマンドでのスクリプトの記述では文字数制限が厳しいため、
・貫通先は敵グループIDが小さい順に選定（ID2やID3を攻撃してもID1が生きていれば必ずID1に貫通する）
・与ダメの分散度を0として余剰ダメージを計算する
・ダメージ計算式に含まれない要素（属性など）でのダメージカットは無視して余剰ダメージを計算する
・その他、貫通ダメージを防ぐ（減衰する）手段は一切なし
という感じの挙動になっています。


1 ...

すみませんメッセージのウェイトと消去について失念していました。

#メッセージをウェイトする
SceneManager.scene.log_window.wait
#エフェクトが消えるまでウェイトする
SceneManager.scene.log_window.wait_for_effect
#表示中のメッセージを消去する
SceneManager.scene.log_window.clear
#ウェイトしてからメッセージを消去する
SceneManager.scene.log_window.wait_and_clear
メッセージの表示に関してこれらの関数が使用できますので、add ...

戦闘中のメッセージはWindow_BattleLogクラスのadd_textという関数によって行われています。
戦闘そのものはScene_Battleクラスで処理されているため、その中でWindow_BattleLogが生成されているわけです。
この時の生成の受け皿となっている変数が@log_windowなので、
Scene_Battleの中では@log_window.add_text(hoge)と記述することで戦闘中のメッセージを表示することができます。
しかし、イベントコマンドの「スクリプト」はGame_Interpreterクラスで処理されています。
Game ...

無事解決できたようでなによりです。
拙い説明でも理解していただけて助かりましたｗ

解決済みとのことですが一応補足しますと、
改変後のスクリプトは本来の設定項目ではなく変数とスイッチを参照するようになっているので、設定項目の内容はどこにも反映されません。
代わりに、
PLAYER_SPEED_UP = 変数番号
ALWAYS_DASH = スイッチ番号
として、スクリプト本体も$game_variables[PLAYER_SPEED_UP]や$game_switches[ALWAYS_DASH]というように直すと管理の上で分かりやすくなるのでおすすめです。