でできると思います。

「ツクールMV初期状態＋上記プラグインのみ」とのことですが、プラグインが正常に動作していれば
一手目は地雷にならないようになっているはずです。
試しに導入してテストしてみましたが、全112マス中100個地雷がある設定で10回プレイしてみて
一手目が地雷になることは一度もありませんでした。

ニューゲーム前はスイッチが存在しないのでONにできません。

同じ手順でやってこちらは問題なく実行できているのでこれ以上はわからないですね。
PC再起動した直後でやってみてダメならお手上げです。

allowの前のハイフン、なんかおかしくないですか？

オプションをつけてchromeを起動する前に、すべてのchromeを閉じてください。

体験版を使ってみたらどうでしょ？

具体的にどういうふうに表示されてほしいのでしょうか？

現状では無理だと思います。

上層ピクチャはウインドウより前に表示するピクチャ。顔グラフィックはウインドウの画像。
ウインドウより前に表示したくて上層ピクチャにしているのにそのウインドウの画像を上層ピクチャより上に表示するというのは矛盾した挙動です。

顔グラフィックを自動的にピクチャで表示してくれるプラグインを探すか（存在するかはわかりません）、そういうプラグインを依頼してはどうでしょうか。

拙作「文章の表示の一時中断」プラグインをご紹介します。
https://makonet.sakura.ne.jp/rpg_tkool/ ... Message.js

スイッチを入れるタイミングや文章の表示の制御文字の使い方があまり直感的でなく
最初は思い通りの動きにならないかもしれませんが。
イベント作成の参考画像を貼っておきます。

◆ポイント
・閉じたくないメッセージの前でON、閉じるメッセージの前でOFF
・メッセージの最後に「\^」の制御文字をつける
・選択肢の直前に空の文章表示を挟む