プラグインなど使わなければそういう設定は出来ないかと。

例えばショップ自体に条件分岐を仕込み、スイッチ「購入済み」がオフ→限定品が陳列されている
「購入済み」がオン→限定品が無くなったショップ
とする。
ショップの処理後、限定品を条件分岐で持っているか否か判定、持っていたらスイッチ「購入済み」をオンにするよう設定。

また、作品の世界観などにもよりますが個数制限もかけるならショップ処理の直後に変数で限定品の数を管理、設定以上に買ったなら店主のセリフか何かで「勇者さま、それはお一人様一つまでなんです。返金するからアイテムを返してね」とか言わせて「対象の数を１減らす+代金を返還 ...