システムグラフィックのフォルダ名は変更しない方がいいと思いますが
プロジェクト全部が入っている親フォルダの名前は変更しても大丈夫です。

ただし、エディタを終了してから行ってください。
次にエディタを開くと何もプロジェクトが開いてない状態からになるので
新しいプロジェクト名のフォルダからプロジェクトファイルを起動します。

念のため、現状のプロジェクトを保存してから行うといいでしょう。
（こういった直接的なファイルの変更を行う場合、必ずバックアップを取ることを忘れずに。
この程度の操作でバックアップなんて・・・と思うこともありますが
年には念を入れておくと、後で助かったりします ...

装備時に数値をの評価を反映するところまで希望するなら
専用のプラグインが必要でしょう。

装備時にコモンイベントを呼び出すプラグインをお借りして
コモンイベント内で、条件分岐を行い、ステートをつける形で
強さを変えるという感じなら

神無月サスケ様の装備変更時、コモンイベントを起動 - InvokeCommonAtEquipChange.js
をお借りしてみると良いと思います。
https://plugin-mz.fungamemake.com/archives/4713

頑張ってイベントコマンドを駆使して
システムを作成することもできなくはなさそうですが・・・

うなぎおおとろ様が、スキル付け替えシステム - AbilitySystem.js
というプラグインを配布されているので、お借りしてみては。

https://plugin-mz.fungamemake.com/archives/1319

ボタン化したい理由が、選択肢が多いから
ということなら、むしろ選択肢を増やしたり、制御したりするプラグインを
お借りする方がいいんじゃないかなという気がします。

木星ペンギン様のMPP 選択肢拡張 - MPP_ChoiceEX_Op1.jsとか？
https://plugin-mz.fungamemake.com/archives/7382

トリアコンタンさんのピクチャのボタン化プラグインなら
特に何か設定しなくてもバトルコマンド表示中も動くようですが
どちらのプラグインをご利用ですか？

動くとは言え、動くイベント内容はマップ上で使用できるコマンドのみのようです。
例えば ...

コモンイベントを「並列処理」で作成し
常に足元のリージョンIDを取得して条件分岐するか

特定のリージョンの上に来たら自動的にコモンイベントを呼び出すプラグインを
お借りすればできると思います。
神無月サスケさんのCommonEventStepRegion.jsというのが
ロンチプラグインに梱包されているので、試してみては。

変身する敵を作る方法ではダメですか？
https://rpgmakerofficial.com/product/mv ... _006e.html

上記では理想に沿わない場合
ツクプラMZさんで、何かしらプラグインを探してみるとか。
https://plugin-mz.fungamemake.com/

基本タイマーでしか強制終了をできないようなので
タイマーの表示非表示を変更するようなプラグインをお借りしたうえで（ツクプラで探してね）
タイマーで終了する設定にして、タイマー数値最大で始動して
並列処理イベントに、時々タイマーを0以外で始動するイベントを入れて
HPが特定の値になったら、タイマーを0で始動すれば
おそらく強制終了ができると思われます。

プラグインを改変するのであれば
プラグインのライセンスを確認した上で、改変が可であると判断できた場合のみ
ちょっと荒業ではありますが、以下の方法があります。

プラグインコマンドで指定したスイッチがONになったら ...

条件分岐に、指定インデックスの敵が出現しているか、という条件があるので
そちらを使用すればスクリプトは不要かと思いますが
どうしてもスクリプトでということでしたら

イベントコマンドをスクリプトで実行する方法なら
ツクールMZスクリプトリファレンスwikiさんに、記述方法が掲載されていると思います。
https://rpgmaker-script-wiki.xyz/mzscriptwiki.php

データベースの特徴の特殊フラグにTP持ち越しっていうのがあるけど
それを使うのはダメですか？

ツクプラで、カットインを検索するといくつかヒットするので
片っ端から試してみては？
https://plugin.fungamemake.com/?s=%E3%82%AB%E3%83%83%E3%83%88%E3%82%A4%E3%83%B3&x=0&y=0

好みのものが見つからない場合
発動前で検索すると、スキル発動前にイベントを挟むプラグインが見つかるから
好きな演出を入れたらいいと思います。

デフォルトだけでやるなら
スキルのテキストも内容も空っぽにして
特徴に効果のないステートとコモンイベントつけて
コモンイベントでカットインとスキルの発動をやればよい気がします。
（確か ...