他のプラグインとの競合やパラメータの処理に不備があるのではないでしょうか？
例えば、下記のようなコードでも、y座標は正常に変更されました。

Scene_Shop.prototype.createCommandWindow = function() {
const rect = this.commandWindowRect();
this._commandWindow = new Window_ShopCommand(rect);
this._commandWindow.setPurchaseOnly(this._purchaseOnly);
this._commandWindow ...

デフォルトショップ画面冒頭で表示されるダミーウィンドウ（巨大空欄ウィンドウ）があまりにも見苦しかったため、代わりに、選択中のコマンド（購入・売却・やめる）に対応したウィンドウを表示するプラグインを作りました。やめるコマンドを任意で非表示にすることもできます。

より良い解決方法を発見したため、その手順をここに記します。
①ツクールMZ本体が保存されているディレクトリへ移動
②nwjs~winファイルに移動し、nw.exeを右クリック
③プロパティより互換性→高DPI設定の変更からいずれかの設定を適用

以上の手順を踏むことで、テストプレイ時に実行されるnw.exeの設定を上書きし、正常に表示することができました。どうやら、ツクールMZはデプロイやテストプレイ時のnw.jsについて、ここを参照するようになっているようでした。

やはりSprite_BattlerやEnemyだと前面表示になってしまうのですね...。
MOGプラグイン同様、Spriteset_Battleを利用するのがこの機能を実現する上で最適であるとして、問題なのは、TMBattleEx.jsなどのSprite_Battler/Enemyを利用した敵グラフィック改変プラグインと連携ができないという点ですね。
実際にDarkPlasmaさんの提案したコードを参考にした以下のプラグインは、確かにそれ単体としては狙った通りに機能するのですが、TMBattleExと組み合わせても敵グラフィック反転や伸長が反映されず ...

戦闘中にBattler/Enemyのステート状態に応じてその背後に「Battler/Enemy画像を流用した」エフェクトを表示する機能が欲しいと考え、現在プラグインを作成しているのですが、Spriteの表示順序にて問題を抱えています。

(() => {
const parameters = PluginManager.parameters('AuraEffectState');
const stateIds = JSON.parse(parameters['対象ステートID']);
const maxScale = Number(parameters['最大拡大サイズ ...

戦闘背景未設定時にVX・VXAceのような渦巻き状の戦闘背景を生成します。
戦闘背景画像を用意するのが面倒だが、既存のマップそのままの背景生成では味気ない...といった場合に役に立つかもしれません。
※Tsukimi様FilterControllerMZの利用を前提としています。
https://forum.tkool.jp/index.php?threads/%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%AB%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%B0%E3%82%A4%E3%83%B3mz%EF%BC%88%E8%B1%AA%E8%8F ...

ウィンドウが非アクティブ状態になった場合、指定の色調・不透明度で画面を暗転します。
一部のディスプレイ環境（例えば、大きなサイズ、 高解像度、マルチディスプレイなど）において、ウィンドウのアクティブ状況が把握しにくい場合などに、分かりやすい視覚的効果を追加することで視認性を改善できるかもしれません。

解決方法を発見したため、参考としてここに報告します。
コマンドライン引数にを追加します。
こうすることで、デバイス側のスケーリングを無視して等倍表示することが可能になるようです。
根本的原因である、MZのみ拡大されて表示される現象は不明ですが、とりあえずこれで解決とします。

とりあえずの応急処置ですが、プロパティから互換モードで実行することで正常に表示されるようになりました。

デプロイメントされたプロジェクトや一般公開されているMZ製フリーゲームなどで検証したところ、packageの指定以上の画面サイズで表示されるという形で同様の現象が発生しました。
このことから、この現象の原因はおそらく、ツクールMZ自体やゲームのプロジェクトにあるのではなく、当方の環境におけるMZ製アプリ（特定のバージョンのNW.js？）の実行の段階で発生しているのではないかと考えられます。