申し訳ないですが分からないです、というより再現できませんでした
お互いを通り抜け不可にしたイベント通しを歩行頻度MAXにして
同じマスに同着するように正面衝突させましたが普通にぶつかりました

考えられる１番の可能性はプラグインの競合です
そこでまずは新しくプロジェクトを作ってこのプラグインだけを入れてうまくいくか試してはどうでしょうか
そこで問題が起こらなければ何かしらのプラグインとかち合っています

Game_Event.prototype.isThroughXy = function(x, y) {
return this._through && (this.NtEventsXy(x, y).length === 0);
};
↓変更

Game_Event.prototype.isThroughXy = function(x, y) {
return this._through && (this.NtEventsXy(x, y).length === 0) && !this.isNtPlayerXy(x, y);
};

あとこれを追加

Game_Event ...

ひとまずうまくいったようでよかったです。
そうか数字が文章で出ちゃうからうまくいかないんですね
だとすると+よりもNumber()でくくって数値化したほうが意味が明確でいいと思います

先にちょっと気になったこと
質問内容の「フィルタースクリプト」
v(30).includes(+item.meta['CId']);
の"+"の役割がちょっとわからないです。これなくても同じように動くのでは？
私が素人なだけかもしれないので下の内容試す前に確認してほしいです。すごく気になってます



/*:
* @target MZ
* @plugindesc カードリスト
* @base SceneCustomMenu
* @orderAfter SceneCustomMenu
*/
(() => {
'use strict';
Window ...

なにかしらプラグインの競合が起きてましたかね？
ひとまず解決できてよかったです

<Set Sep Effect: 1>
Enabled: v[30] - $gameTroop.aliveMembers().length === 1
Target: user
Value1: 0
Value2: a.isStateAffected(59)
</Set Sep Effect>

でも同様のエラーが発生しました
やってることは合ってると思うのですが・・・

これが一番惜しかった気がします。Value1とValue2は
HP回復 『Value1の算出値』％＋『Value2の算出値』
というように数値を変化させるためのものなので今回はいじらなくていいかと
問題は Enabled ...

スキル連結しない場合で説明。連結する場合でも競合さえしなければ使用効果の番号が変わるだけだと思います
全体スキルで説明します

前回質問で紹介した発動前コモンを使って、スキル発動前に敵の生存数を数えて変数に格納しておく
便宜上変数ID30に入れたとする
$gameTroop.aliveMembers().length

使用効果にステート１とステート２とステート３を追加する（戦闘不能効果よりあと）
番号的には８と９と１０になるはず

メモに使用効果8と使用効果９と使用効果１０の詳細設定タグを追加して
それぞれターゲット(Target)を使用者（user）、効果の有効条件（Enabled）を ...

プラグインなしで（スクリプトはあるけど）単体対象も一応できそうではありますが、
全体攻撃と挙動が異なることになりそうです。
なのでこれまでの考え方は廃案にして、全部合わせてなんとかなりそうなプラグイン探しました

FTKRスキル拡張 - FTKR_SkillExpansion.js
https://plugin-mz.fungamemake.com/archives/3331

かなり細かく設定できるのですが、その分使い方の理解が必要になりそうです
基本の使い方は説明をよく読んでいただくとして、必要部分だけ説明します

単体スキル
範囲：敵単体 使用効果：戦闘不能100％（正直何％でもいい ...

効果的に全体技だとばかり思ってたので単体は想定していませんでした

さきにスキルの詳細を確認したほうがいいかもしれません。
①これはID9のステートがかかった敵単体を即死させる『のみ』のスキルですか？
その場合、対象がステートにかかっていなかったらただ空振りして終わりですか？

②それともダメージを与えつつ、ID9のステートがかかっていたら即死させるスキルですか？

全体技の説明の際に検証していて気づいたのですが、スキル範囲が『使用者』ではなく対象を選んだ場合
②の場合は普通にスキルでダメージを与えた後に今回と同じようなことができそうなのですが ...

&　で文章繋げるのはエクセルとかですかね
javascriptなら　+　ですね

"序章-" + $gameMap.displayName()

"　"と'　'はどっちでもいいと思います。

・・・よく見たら　&&　だった。これは論理積だから使い道がそもそも違いますね
条件用に使うやつです。　if(a && b){} はaとbがどちらもtrueであるときのみ{}の中が実行される、とかです