ダウングレード後も消えたマップがそのまま消えていたので、以下の方法で修正しました。あくまで参考程度に見ていただけると幸いです。

解決したい問題
マップは確かに存在しているのに、マップ一覧には表示されない

必要な情報
・消えたマップのマップID
・消えたマップのファイル（dataフォルダー内）→消えたマップのIDと一致するマップファイル
※上記の情報がないと、以下の解決順序は使えません。IDがわからない場合、そのマップにあったイベントを検索するなどして、マップIDを見つけてください。

解決順序

【重要】始める前に、データーのバックアップを行ってください。失敗した場合 ...

フトコロ さんが書きました:正直、今のVer1.6.0 はいろいろと問題もあるため、一度ダウンバージョンしてv1.5.1を使うことをお勧めします。

おっしゃる通り試してみたところ、本日（2月26日）に公式サイトで再公開されたver1.5.1にダウングレードした結果、正常に戻りました。
http://rpgtkool.hatenablog.com/entry/2018/02/26/170

丁寧に教えていただきまして、誠にありがとうございました！

プロジェクトを保存後、5分位して再度立ち上げたところ、直前にグループ化していたマップが制作画面の左側のマップ一覧から消滅しました。

イベント検索ではしっかりとそのマップにあるイベントが出てきて、マップ名やIDもしっかりと表示されます。
また、テストプレイ上でも、そのマップは正しく動作しています。
ファイルを確認しても、そのマップのIDのファイルはあります。

しかし、何故か、プロジェクトの左側のマップ一覧と、場所移動先を指定するといった、マップIDとXY座標を設定するような画面では表示されません。

また、場所移動先を設定していると、通常再度編集する際 ...