返事が遅くなったみたいでごめんなさい。作者です。
そのバグの発生源は、「カテゴリ合成」ではなく、前提プラグインとなる「拡張カテゴリ」の方です。

そのバグ自体は、ver1.02の修正内容に含まれていますので、
現在最新版となるver1.02を使用していただければ修正されると思います。

SecondaryCategories.js
http://yumineko.com/tm/images/license/Credit01.png
http://yumineko.com/tm/images/license/Profit03.png
http://yumineko.com/tm ...

並び替えシーンver1.08では、最大戦闘参加人数を変更する機能はありません。
「$gameParty._battleMembersSize = ○;」はあくまで現在の参加人数を調整するのみになります。

なので、ver1.09でプラグインコマンドを使って最大戦闘参加人数を変更できるように機能を追加しました。
以下の画像を参考にして、ご使用ください。

SceneFormation.js
170228.png

http://yumineko.com/tm/images/license/Credit01.png
http://yumineko.com/tm/images ...

その機能自体は場合によっては困ることがありそうなので、仕様として実装するのはちょっと控えたいと思います。

代わりと言っては何ですが、イベントコマンドのスクリプトを使って、戦闘メンバーの人数を変える方法を書いておきます。
この方法は、SceneFormationが入ってる場合のみ動作します。

パーティメンバーを外した後に戦闘メンバーを一人減らすことで、その機能を実現することが可能ではないかと思います。
ただし、この方法を使って最大戦闘参加人数以上にすると、エラーが発生するので注意してください。

・戦闘メンバーを○人にする
$gameParty._battleMemberSize ...

ご指摘の点、修正しました。

制限された装備が最強装備時に、装備なしよりもなお悪い
最悪のパフォーマンスの装備として認識されるように変更しました。
装備品1つで100万近いパフォーマンス値(全ての上昇能力値の合計)を出さない限り、
制限された装備が最強装備の候補になることはありません。

想定の挙動ではないので確認したところ、バグでしたので修正しました。

戦闘メンバーが最大参加人数-1で待機メンバーがいる時の
アクター加入時の動作が参加人数が最大の時と同じ挙動になっていました・・・

http://yumineko.com/tm/images/license/Credit01.png
http://yumineko.com/tm/images/license/Profit03.png
http://yumineko.com/tm/images/license/Mod01.png
http://yumineko.com/tm/images/license ...

少しご要望のものと違うかもしれませんが、設定できるパラメータを3つにしてみました。

3つ目のパラメータを評価した値が、(xxx)のように表示されます。
この際、条件を満たす(2つ目<=3つ目)場合は緑、満たさない場合は赤で表示されます。
また、(xxx)を表示したくない場合は、3つめのパラメータをnullに指定してください。

利用規約などは前のものと同じです。

ステータス欄にevalで評価した値を表示する機能を追加しました。

能力値として比較するのはおっしゃられているように汎用性が非常に低いため、
とりあえず特定のパラメータを表示して数値としてわかるようにだけ、といった感じです。

ついでに付けるのを忘れていた利用規約も貼っておきますね。

http://yumineko.com/tm/images/license/Credit01.png
http://yumineko.com/tm/images/license/Profit03.png
http://yumineko.com/tm/images/license/Mod01.png ...

使用されているというプラグインを拝見させていただきました。

このままグレーアウトに対応を行うと、完全に別のプラグインになってしまうため、
新たに装備制限のプラグインを作成しました。

加えて、装備&ショップステータス改造のプラグインも、それに対応するためのバージョンアップを行いました。

VXAceの頃からある仕様ですね。
具体的には、\}が通常の文字サイズで描画されてしまうので起きる現象です。

一応、私が配布しているプラグインに、これを修正するものがあります。

http://yumineko.com/tm/images/license/Credit01.png
http://yumineko.com/tm/images/license/Profit03.png
http://yumineko.com/tm/images/license/Mod01.png
http://yumineko.com/tm/images/license/Recycle03.png ...

そのエラーの原因を直接どうにかする方法ではないのですが、
私が配布しているプラグインに同じような行動前にコモンイベントを実行するものがあります。

このプラグインは確か3つのATBプラグインとの競合をチェックしていたの思うので、
こちらを試してみてはどうでしょうか。

http://yumineko.com/tm/images/license/Credit01.png
http://yumineko.com/tm/images/license/Profit03.png
http://yumineko.com/tm/images/license/Mod01.png
http ...