ConfigManager.save();で自己解決しました。
ただ、プラグインのスクリプト欄にこれを入れただけでは解決せず、
こちらは私の考えていたような使われ方をするような機能ではないと思いました。
なので、直に書くことで解決しました。

下記のプラグインについて質問させてください。
オプション任意項目作成 - CustomizeConfigItem.js
https://raw.githubusercontent.com/triacontane/RPGMakerMV/mz_master/CustomizeConfigItem.js

プラグインを入れて、オプションに任意の項目（スイッチ項目）を作成します。
例えば、添付画像に示すようなゲーム難易度を選択するような項目を作ります。

そして、ゲームを開始して、ゲーム難易度を選択するようなイベントを作り、実際にそれを切り替えたとします。
ゲーム難易度：普通→易しい ...

chro様、ecf5DTTzl6h6lJj02様

返信ありがとうございます。
状況理解しました。ということであれば利用はしないので大丈夫です。

ありがとうございました。

剣崎　宗二 様
返信ありがとうございます。

リンク切り失礼しました。
こちらになります。 確かに剣崎さんのリンクにも同じjsがあるのですが、私の方はtargetがMZとなっておりMZで使えるのかなと思っています。

ノベルゲーム制作にあたって下記のプラグインを試してみたいのですが、
ノベルゲーム総合 - NobleMushroom.js
https://github.com/triacontane/RPGMaker ... ushroom.js

this.localFileDirectoryPath is not a function
とエラーが表示されます。

どうすればいいでしょうか？
ご確認よろしくお願い致します。

名無し蛙様

指示通りスクリプトを書き換えたら希望の挙動になりました。
大変助かりました。
ありがとうございます。

トリアコンタン様、有識者様

オプション任意項目作成（CustomizeConfigItem.js）の「スクリプト」について質問があります。
https://raw.githubusercontent.com/triacontane/RPGMakerMV/mz_master/CustomizeConfigItem.js

設定したスイッチをオプションからON/OFFすると、それに同期して変数を変更する処理を実装したいと思っています。
それで、添付するキャプチャのように設定しました。
記載しているスクリプトの中身は
if($gameSwitches.value(1 ...

ecf5DTTzl6h6lJj02様
返信ありがとうございます。

BGS並行演奏プラグインのプラグインコマンドを一切使用していない状況であれば、
イベントコマンドのBGSの演奏や、BGSのフェードアウトを実行するときに、
ライン 1 番に対して実行するようになっている(プレイ開始時に、BGSのライン番号が 1に設定されている )ので、
プラグインコマンドで、ライン番号を指定していなくてもフェードアウトできるのが、
本来の挙動となっているようです。

なので、BGS並行演奏プラグインのプラグインコマンドで、何もしていないのに、
プラグインコマンドでライン番号を 1 ...

ecf5DTTzl6h6lJj02様、返信ありがとうございます。
確かに見落としていました。
今まで作ってきたゲームは、ParallelBgsを使用する場面でマップの設定からのBGS自動演奏をやっていなかったので、そういった仕様を気にする必要がありませんでした。

ただ、依然として納得がいっていないのが、先に報告させてもらった「イベントコマンドで消せる箇所と消せない箇所がありました」の通り、ライン番号 = 1を指定しないでもBGS自動演奏が消せるマップもあることです。
下記のように２つのマップがあり、
・マップA：BGS自動演奏設定あり
・マップB：BGS自動演奏設定あり

１）マップAは ...

確認したこと。

本ゲームではプラグイン「BGS並行演奏（トリアコンタン様作） - ParallelBgs.js」（1.1.1 2021/03/06）
https://plugin-mz.fungamemake.com/archives/2051#google_vignette
を利用しており、本プラグインをOFFにしたところ、問題なくBGSを消せました。
ただ、本ゲームではParallelBgs.jsがどうしても必要になるので、外すことは出来ません。

それで、問題となっているBGSを消せない箇所のソースを、試しに下記のように変更したところ、BGSが消えるようになりました ...